分析内容
一、标准信息分析
1. 测序数据统计与评估：涵盖各样本基础质控（reads数、测序饱和度等）、数据比对（细胞数目统计、reads基因组比对率等）及基因表达定量分析；
2. 单细胞亚群分类与可视化：完成细胞过滤、亚群分类，并通过TSNE图实现分类结果可视化；
3. 亚群上调表达基因分析：开展上调基因筛选与表达分布检测，同步进行蛋白质互作网络构建，以及GO/KEGG功能富集、人源DO基因疾病富集、人/大鼠/小鼠源Reactome通路富集等分析；
4. 基因集变异分析（GSVA）；
二、高级信息分析
1. 拟时分析（Monocle）：推断发育过程中细胞分化轨迹或细胞亚型演化路径；
2. 拟时分析（PAGA）：计算细胞亚群连通性，经检验后构建PAGA网络图并筛选差异表达基因；
3. 细胞通讯分析（限人、小鼠、大鼠）：通过统计不同细胞类型中受体与配体的表达及配对情况，推断细胞间相互作用；
4. 转录因子分析（限人、小鼠、果蝇）：分析不同细胞/细胞类型间转录因子调控活性差异，绘制转录调控网络图；
5. 细胞周期分析（限人、小鼠、大鼠）：推断单个细胞的细胞周期状态；
6. 单细胞CNV分析（限肿瘤样本）：基于基因相对表达量推测单细胞染色体区域CNV，开展肿瘤克隆亚型分析及CNV分布分析；
7. RNA速率分析：通过mRNA生成与降解的动态变化，推断细胞分化发育轨迹。
研究结果
分组t-SNE展示
RNA velocity分析
细胞通讯分析
拟时序分析
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