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分析内容 第一阶段:数据获取与质控
这是确保后续分析可信的基础。 1、检查扩增曲线和熔解曲线 扩增曲线:确认所有目的基因和内参基因的曲线呈现标准的“S”形,平台期平稳。排除异常曲线(如起跳过早、平台期骤降、形状怪异),这可能提示污染、抑制剂或引物二聚体。 熔解曲线:确认每个反应只有一个尖锐的单一峰。出现双峰或宽峰可能提示非特异性扩增、引物二聚体或基因组DNA污染。 2、 评估扩增效率 斜率:理想斜率为 -3.32(对应100%效率)。通常可接受范围为 -3.1 ~ -3.6(效率90%~110%)。 R²值:反映标准曲线的线性度,应 > 0.99。 效率:计算公式为 Efficiency = [10^(-1/斜率) - 1] * 100%。 3、 确定阈值线(Threshold)和Ct值 阈值线:通常由仪器软件自动设置在扩增曲线指数期的早期阶段,所有反应基线噪声之上。同一组实验中所有基因的分析必须使用统一的阈值线。 Ct值:每个反应孔扩增曲线与阈值线相交时所对应的循环数。记录所有样品目的基因和内参基因的Ct值。 第二阶段:相对定量分析(最常用) 以研究基因表达差异为例,常用 ΔΔCt法。 1、内参基因均一化 目的:消除样品间加样量、RNA质量、反转录效率等非生物学差异。 计算:对于每个样品,计算 ΔCt = Ct(目的基因) - Ct(内参基因)。 注意:内参基因必须经过验证,其表达在处理组和对照组间稳定。 2、对照组校准 目的:将处理组(实验组)的表达量相对于对照组(如未处理组、0时刻组)进行标准化。 计算:选择对照组ΔCt的平均值作为 校准因子。 对于每个样品(包括对照组自身),计算 ΔΔCt = ΔCt(样品) - ΔCt(对照组均值)。 3、 计算相对表达量(Fold Change) 公式:相对表达量 = 2^(-ΔΔCt) 解读: 结果 = 1:表示表达无变化。 结果 > 1:表示表达上调(例如,2.5表示上调1.5倍)。 结果 < 1:表示表达下调(例如,0.4表示下调至对照组的40%,即下调了1.5倍,常表示为 -1.5倍)。 第三阶段:统计分析 1、生物学重复和技术重复 生物学重复:来自不同个体或独立培养的样品,反映生物学变异,必须进行。通常至少需要3次。 技术重复:同一样品在同一板上的重复加样,反映操作和仪器变异,建议进行(通常2-3次)。 数据处理:先对技术重复取平均值或中位数,得到每个生物学重复的最终Ct值或表达量。 2、 统计检验 将处理组的相对表达量(2^(-ΔΔCt)值)与对照组的“1”进行比较。 常用方法: 两组比较:Student‘s t检验(数据符合正态分布)或Mann-Whitney U检验(非参数)。 多组比较:单因素方差分析,若显著则进行事后检验(如Tukey, Dunnett‘s)。 结果呈现:通常以“平均值 ± 标准差(SD)或标准误(SEM)”的形式展示,并在图表中用星号(*)标注显著性水平(如 *p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001)。 研究结果 咨询我们 |